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Una tradizione leggendaria racconta che, un gruppo di pastori, raccoltisi intorno ad un focolare, furono sorpresi da una capra che fece un rocambolesco salto sul fuoco e scelsero di denominare capra-cotta il loro agglomerato. Secondo un’ipotesi più recente invece, il toponimo sarebbe di origine indoeuropea, combinazione tra gli idiomi kap* e kott* ovvero “luogo roccioso ed elevato”.
L’Antichità dell’insediamento è attestata da oggetti litici e resti dell’età del bronzo, ritrovati in località “fonte del Romito”, dove è stata rinvenuta nel 1848 anche l’iscrizione bronzea in caratteri osci, attualmente conservata presso il British Museum di Londra e conosciuta come “Tavola di Agnone”.
Capracotta rappresentò una delle roccaforti sannitiche, di cui ancora oggi sono visibili resti di mura poligonali sul Monte Capraro e sul Monte Cavallerizzo. Non vi sono invece tracce rilevanti di insediamenti romani, ma è probabile che Capracotta rientrasse nell’amministrazione agnonese, dove la presenza romana è documentata.
Al 1040 risale la donazione del conte Gualtieri di Agnone di alcuni monasteri tra cui figurano gli eremi di S. Giovanni Battista sul Monte Capraro e quello di S. Nicola sulla montagna di Vallesorda. La presenza in questo periodo del toponimo “Capracotta” anche se non documenta un castello o un borgo fortificato, è indicativa tuttavia di una qualche forma di insediamento nella rete difensiva militare normanna.
Durante il regno svevo si formò il nucleo primitivo del centro cittadino intorno ad una rocca di carattere militare e religioso.
In epoca angioina, Capracotta è citata in una “Cedola” dei registri angioini del 1320 e censita con i suoi tributi, a testimonianza di un borgo popolato da poco più di mille abitanti.
La crescita del nucleo primitivo con l’inglobamento dei casali circostanti è meglio documentata sotto gli Aragonesi. Nel 1447 con l’istituzione della “Dogana della mena delle pecore di Puglia”, si ebbe il periodo di maggiore benessere per l’economia locale, dando inizio ad una serie di scambi commerciali tra Abruzzo Molise e Puglia. Nel corso del XVI e XVII secolo, Capracotta grazie all’attività armentizia raggiunse una favorevole stabilità economica.
Uno dei primi documenti cartografico-storici del territorio la “Pianta di tutto il territorio di Capracotta” del 1755, in cui sono menzionati i toponimi ed i confini demaniali ed individuati i corpi demaniali e feudali, è contenuta nel “Libro di Memorie” di Nicola Mosca, medico ed intellettuale dell’epoca (1698-1782), che fornisce uno spaccato della società capracottese nel periodo di migliore progresso economico della propria storia.
Agli inizi del XIX secolo, la bonifica delle terre del Tavoliere ridusse notevolmente il fenomeno della transumanza favorendo un fenomeno migratorio verso la Puglia e la transizione da una economia basata sulla pastorizia ad una incentrata sull’agricoltura. Tra la fine del secolo e gli inizi del Novecento, nel nuovo clima politico dell’Italia Unita, si distinsero due eminenti capracottesi Nicola Falconi e Tommaso Mosca eletti al Parlamento Italiano.
Le vicende belliche non risparmiarono il piccolo centro montano e soprattutto gli eventi del Secondo Conflitto Mondiale furono particolarmente tragici.
Capracotta, localizzata sulla linea del fronte, nell’inverno tra il 1943 e il 1944 subì feroci rappresaglie da parte delle truppe tedesche con incalcolabili perdite sul piano umano e del patrimonio artistico ed edilizio.
Nel dopoguerra il paese subì come altri comuni del Meridione, il fenomeno migratorio, sebbene gli emigrati abbiano conservato un legame molto profondo con il luogo natio, a cui fanno ritorno spesso e con piacere.